Pucara en lengua quechua significa fortaleza. Aunque este sitio arqueológico no presente construcciones de tipo defensivas, la denominación tradicional posiblemente se deba a su ubicación estratégica en el centro de la Quebrada de Humahuaca. Esta ubicación le permitió controlar una gran área de producción y asentamiento poblacional.
El lugar fue ocupado desde el siglo IX hasta aproximadamente el siglo XV por los tilcaras, una etnia perteneciente a los omaguacas. Estos eran pastores y agricultores. Cultivaban maíz, papa, porotos, zapallos, etc., con herramientas simples (azadas, palas y cuchillones de piedra o madera), sin arado y con el empleo exclusivo de la fuerza humana; y practicaban la ganadería de llamas, las cuales utilizaban como animales de carga y para la provisión de lana y carne. Los objetos de uso diario eran en su mayoría de cerámica, con la que fabricaban ollas, cántaros, escudillas y vasijas grandes para almacenar alimentos, y se vestían con telas hechas de lana de vicuña y llama, la que hilaban en husos de mano, teñían con tinturas naturales y tejían en telar de cintura. Con la conquista inca se realizaron algunas modificaciones y se construyeron edificios de carácter administrativo y ritual. Las últimas investigaciones afirman, de forma estimativa, que el Pucara pudo albergar a más de 1.500 habitantes en su momento de máxima ocupación.
Su localización geográfica le permitió ser uno de los principales puntos de interacción entre la puna y el valle, siendo un importante centro de producción, distribución e intercambio de bienes de la región. Desde la puna se traía sal, obsidiana (vidrio volcánico), basalto, malaquita, turquesas y otras rocas para confeccionar distintas herramientas y puntas de proyectil; y desde los valles llegaban maderas, plumas, nueces, tinturas y alucinógenos como el cebil.
El Pucara cuenta con aproximadamente 8 hectáreas de superficie. Las viviendas eran de piedras, con techos de torta de barro y paja asentados sobre tirantes de cardón. Ocupaban la mayoría de la superficie del Pucara, estaban agrupadas en barrios y comunicadas entre sí por caminos también de piedras. Además de las viviendas, las cuales fueron reconstruidas en la década del 50, se han podido ubicar los corrales destinados a las llamas, un sector de culto y la necrópolis. En la falda sur se encuentra uno de los basureros, donde arrojaban todo tipo de deshechos, por lo que resulta sumamente rico en información arqueológica.
El sector de culto, que fue denominado "La Iglesia", se encuentra ubicado próximo al punto central de las ruinas. Es probable que en este edificio público, construido durante la ocupación inca, se celebraran ceremonias y rituales oficiados por determinadas personas de la comunidad que habrían tenido contacto con los dioses, ancestros o "malkus" (espíritus de los cerros) a través de la inhalación de sustancias alucinógenas. Dentro de sus creencias, los antiguos habitantes del Pucara practicaban el culto a los ancestros y deidades naturales como "Inti" (sol), "Killa" (luna), "Para" (lluvia), "Wayra" (viento), etc.
En el punto más alto de la ruina se encuentra la pirámide trunca ("Monumento"). Esta fue construida en el sector que sus antiguos pobladores habían despejado a modo de plaza, para homenajear a los investigadores Dr. Juan Bautista Ambrosetti, Dr. Salvador Debenedetti y Dr. Eduardo Casanova, quieners realizaron importantes trabajos arqueológicos no sólo en el Pucara sino también en otros sitios de la quebrada.
El Pucara estuvo habitado hasta la ocupación hispánica, que puede considerarse consolidada en 1594, con el apresamiento del curaca (Cacique) de Tilcara, Viltipoco. Después de la conquista, estos pueblos fueron sometidos al régimen de encomienda, siendo obligados a residir en un lugar determinado y a trabajar por temporadas para el encomendero. Esto llevó a una drástica disminución de la población y, desde luego, al abandono del Pucara.
